O Ministério Público está convencido de que José Penedos conhecia, concordava e até estimulava o esquema de tráfico de influências que o empresário Manuel Godinho - o único arguido do processo "Face Oculta" que está preso - propôs ao filho Paulo Penedos. O filho Penedos é apanhado nas escutas feitas pelos investigadores da Judiciária a afirmar o seu poder de influência junto do pai, para que as empresas de Godinho acabassem favorecidas nos concursos e adjudicações promovidas pela REN, empresa de capitais públicos.

É verdade que José Godinho oferece a José Penedos presentes de Natal, "alguns de valor considerável", entre 2002 e 2007, com a excepção do ano de 2005. Mas, no despacho do Ministério Público que autoriza as buscas, são as escutas ao filho Paulo que permitem concluir pelo eventual envolvimento do pai José no esquema de favorecimento.

"No dia 11 de Maio de 2009, pelas 14h23, Paulo Penedos contactou telefonicamente Manuel Godinho dizendo-lhe que a proposta relativa às instalações da REN existentes na Tapada do Outeiro havia sido recebida, sendo do conhecimento do seu pai, que já tinha garantido a sua aprovação", afirma o Ministério Público. Mas,em Junho, Manuel Godinho recebe uma carta que "não corresponde a uma decisão de adjudicação, mas antes a um pedido de apresentação da proposta". De imediato, um dos homens de Godinho (Namércio Cunha) "transmitiu a Paulo Penedos o desagrado de Manuel Godinho, ao que Paulo Penedos, ao mesmo tempo que lhe fez sentir que a decisão estava tomada, o alertou para a necessidade manifestada por seu pai de serem observados os formalismos indispensáveis à não criação de fragilidades".

Também na renovação do contrato de gestão global de resíduos entre a REN e as empresas de Manuel Godinho, Paulo Penedos "assume a condução do processo", o que o Ministério Público conclui depois de ouvir uma conversa entre Godinho e Paulo Penedos, a 8 de Junho. No dia seguinte, Paulo Penedos telefona novamente a Godinho "dizendo-lhe que a proposta com os preços para a renovação do contrato com a REN foi entregue em mão a seu pai".

Três dias depois, Paulo Penedos faz outro telefonema onde relata a Manuel Godinho mais uma conversa com o pai. "No dia 12 de Junho de 2009, pelas 15h59, Paulo Penedos contactou telefonicamente Manuel Godinho, dizendo-lhe ter estado a discutir com o seu pai a questão da Tapada do Outeiro e a renovação do contrato com a REN".

No dia 17 de Junho, há luz verde para a renovação do contrato, "fruto da intervenção decisiva de José Penedos no processo de decisão", conclui o Ministério Público. A 8 de Julho, Paulo Penedos informa Godinho de que a decisão de adjudicação à empresa de Godinho dos trabalhos de limpeza e demolição das instalações da REN na Tapada do Outeiro "seria anunciada daí a umas horas".